Hacettepe Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilat Kanununun 9. Maddesine yapılan 01.02.2010 tarihli ve 2010/103 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı Eki ile kurulmuştur. Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitüleri bünyesinde bulunan İlköğretim, Orta Öğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi, Yabancı Diller Eğitimi, Bilgisayar ve Öğretim Teknolojileri Eğitimi ve Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dallarının  Eğitim Bilimleri Enstitüsüne aktarılması, Hacettepe Üniversitesi Senatosunun 11.07.2012 Tarih ve 17 Sayılı oturumunda olumlu görüşle Yükseköğretim Kurulunun görüşüne sunulmuş, 09.08.2012 Tarihli Yüksek Öğretim Genel Kurul Toplantısında Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Enstitüler Teşkilat ve İşleyiş Yönetmeliğinin 4., 7. ve 5e maddeleri uyarınca bu ana bilim dallarının Eğitim Bilimleri Enstitüsüne aktarılması uygun görülmüştür.

Hacettepe Üniversitesinde Eğitim Bilimleri Enstitüsünün idari yapılandırılması yaklaşık beş yıllık bir geçmişe sahip olsa da Üniversitemizde eğitim alanında lisansüstü programların 50 yıllık bir tarihi vardır. Üniversitemizde eğitim alanında lisansüstü düzeyde programlar 1967 yılından itibaren Mezuniyet Sonrası Eğitim Fakültesi (MESEF) bünyesinde yürütülmeye başlamış olup, yarım asırlık bir dönemde mezunları aracılığıyla çok sayıda eğitim fakültesinin hatta üniversitenin kuruluşuna liderlik etmiştir. Eğitim Bilimleri Enstitüsü MESEF’e uzanan köklerinden aldığı güçle bugün de altı ana bilim dalındaki 17 lisansüstü programı aracılığıyla yükseköğretim kurumlarının, eğitim sisteminin ve toplumun dönüşüm ve gelişimini sağlamayı hedeflemektedir.

Enstitümüz bilim insanı yetiştirme anlaşmaları kapsamında 47 üniversiteden gelen araştırma görevlilerine lisansüstü eğitim hizmeti sunmaktadır. Lisansüstü programlarımızda son üç yılda 118 yüksek lisans, 103 doktora tezi başarıyla tamamlanmıştır. Lisansüstü programlarının inovasyon odaklı olarak yeniden yapılandırılması, toplumun eğitim alanındaki önemli problemlerinin dönüşümsel araştırmalarla yüksek lisans ve doktora tezlerinde etkili bir şekilde ele alınmasının sağlanması enstitümüzün stratejik hedeflerinin başında gelmektedir. Enstitümüz lisansüstü düzeyde verdiği kaliteli eğitimle sayıları dört yıl içinde 1000’i aşan lisansüstü öğrencisinin, mezunları aracılığıyla hizmet vereceği diğer kurumların ve nihai olarak toplumun en üst düzeyde memnuniyetini sağlamayı hedeflemektedir.